Naturhistorische Abteilung ist eine der vier Abteilungen des Nationalmuseums Zadar. Das Sammeln von Material und die Gründung von Sammlungen begann im Jahr 1832, als das Museo Nazionale gegründet wurde. Im Jahr 1905 gründete die unabhängige Stadt Natural History Museum, das einst älteste Museum seiner Art in Kroatien. 1962 wurde das Naturhistorische Museum in das Nationalmuseum Zadar als Abteilung für Naturgeschichte integriert.
Die Museumsmission der heutigen Naturhistorischen Abteilung basiert auf dem Sammeln, Erforschen und Präsentieren der Flora und Fauna des weiteren Gebiets von Zadar sowie der anderen benachbarten Gebiete. Forschungen, die auf diesem Gebiet durchgeführt werden, tragen zur Schaffung neuer Sammlungen bei, und diese bilden neben den Schenkungen oder Käufen auch die Bestände des Naturhistorischen Instituts. Die Ausstellungspräsentation der Abteilung beschäftigt sich mit verschiedenen Themen von der Ökologie bis zur Problematik der Schutzgebiete, wobei das Material aus den Sammlungen der Abteilung verwendet wird, aber auch Ausstellungen aus anderen Regionen Kroatiens organisiert werden.
1955 erhielt das Museum Domenico Pappafavas wertvolle, aber beschädigte botanische Sammlung zu Beginn des 19. Jahrhunderts zur Aufbewahrung. 1964 wurde Blaž Cvitanovićs Malakologie-Sammlung mit etwa 6100 Proben, die zwischen 1905 und 1916 in Veli rat an der Nordspitze von Long Island entstanden, gekauft, während 1972 die Malakologie-Sammlung von Josef Grüll aus dem Ende des 19. Jahrhunderts und dem Beginn des 19. Jahrhunderts entstand Das 20. Jahrhundert mit ca. 950 Exemplaren wurde erhalten. Die Sammlung von Don Blaž Cvitanović galt zu ihrer Zeit als die wertvollste Sammlung von Muschelschalen des lokalen Charakters an der Adria. Ivo Frankovićs Sammlung von Fischen und Krebsen (190 Exemplare) wurde Schritt für Schritt von 1971 bis 1988 gekauft. 1990 wurde Ante Savkovićs Sammlung, die hauptsächlich aus Motten (300 Exemplare) bestand, gekauft. Heute hat die Abteilung 25 Sammlungen.